“发酵”的意思是指人们借助微生物，在有氧或无氧条件下的生命活动，来制备微生物菌体本身、或者直接代谢产物或次级代谢产物的过程。发酵有时也写作酦酵，其定义由使用场合的不同而不同。

通常所说的发酵，多是指生物体对于有机物的某种分解过程。发酵是人类较早接触的一种生物化学反应，如今在食品工业、生物和化学工业中均有广泛应用。也是生物工程的基本过程，即发酵工程，对于其机理以及过程控制的研究还在继续。