每一代的剧情都是不同的。但整体上都是，主角在博士处领到初始的精灵，开始旅行。途中要挑战8个道馆取得徽章（太阳·月亮中改为“试炼”和Z纯晶）。此外，还要和某个非法组织多次遭遇。

这个组织一般策划着与这部游戏的封面神兽相关的阴谋，主角最终挫败其阴谋。

完成这两条剧情线后，将获得挑战四大天王和冠军的权利。战胜冠军后，一周目剧情结束。

二周目一般会开启能够无限挑战的，对战性较强的对战设施，并对一周目的一些剧情进行补充、收尾。